1990 aasta oktoobris saadi Soome oikumeenilise noortenõukogu ürituselt lüke Eestisse ka luua Eesti Kirikute Nõukogu alla noortenõukogu. EKN oli selle mõttega nõus ning loomisega hakati tegelema. 1991. aasta maikuus kinnitati EKNi Noortenõukogu põhikiri. Esimeseks presidendiks valiti EAÕK diakon Aivar Sarapik. Samal aastal korraldati esimene noortelaager ja astuti Ecumenical Youth Council of Europe täisliikmeks, kus ollakse siiamaani. Paar aastat toimus aktiivsem töö, kuid 1994 oli tekkinud väike madalseis ja tegevused peatusid.
1998 aastal oli siiski näha, et oikumeenilise noortetöö järgi on vajadus, seega kutsuti töö taas ellu. Toodi kokku kirikute noortetööde juhid, et alustada oikumeeniliste noortelaagrite korraldamist. Esimene laager korraldati 1998 aasta suvel EKNK Suurupi Piiblikoolis. Ka 1999 aastal tehti ühine noortelaager. Kuid siis tuli taas väike madalseis tegevustes.
2002 aastal algatati MTÜ EKNi Noortenõukogu loomist. Samal aastal toodi tagasi ka oikumeeniline noortelaager. Lisaks toodi juurde infomessil “Teeviit” osalemine ning jõulusõime projekt Tallinna linnaga koostöös. Teeviidal osaleti aktiivselt kuni 2017 aastani. Oldi väljas oma boksiga, tutvustati kirikute erinevaid koole ja noorteorganisatsioone ning pakuti noortele ka tegevusi – märkide tegemist, jõulukaartide saatmist ning lihtsat kohta, kus istuda, juttu rääkida ja teed juua.
2011 aastal käidi ühe ürituse EKNi ürituse raames välja mõte, et võiks korraldada oikumeenilist palverännakut. See mõte tahtis mõned aastad seedimist ja eestvedaja ootamist. 2015 aastal toimus esimene oikumeeniline palverännak Obinitsast Vastseliina. Sealt edasi korraldati Age Ploomi eestvedamisel kuni 2023. aastani Noortenõukogu poolt rahvusvahelisi oikumeenilisi palverännakuid Eesti erinevates paikades, keskendudes Eesti saartele.
2013 aastal tehti otsus MTÜ-na tegevus lõpetada ja liikuda EKNi töövaldkonnaks. Samal aastal toodi tagasi ka oikumeeniliste noortelaagrite korraldamine.
2014 aastal alustati Pereraadios saatesarjaga “Mosaiik”, mis oli mõeldud selleks, et tutvustada erinevaid kirikuid ja ka erinevaid teemasid oikumeenilises vaates. Saadet juhtisid Mervi Kalmus Advent kirikust ja Lemme Aulis Metodisti kirikust. Saatesarja on võimalik ka Pereraadio arhiivist kuulata.
2015 aastal toimusid Noortenõukogu eestvedamisel ka ekskursioonid erinevatesse Tallinna kirikutesse. Toimus kiriku ekskursioon ning ka konfessiooni tutvustus, et tutvuda rohkem erinevate kirikutega. Tegemist oli väga populaarsete ekskursioonidega. Tegevust vedas eest Age Ploom.
2021 alustati oikumeeniliste stipendiumite välja andmist noortele, kes õpivad teoloogiat. Esimesel aastal anti välja vaid üks stipendium, kuid oli näha et vajadus oleks suurem ning 2022 aastal anti välja juba kaks stipendiumit. 2025 aasta seisuga on stipendiumi saanud 9 noort üliõpilast.
2024 aasta alguses toimus EKNis väike struktuuri muudatus ning Noortenõukogu nimi vahetus. Edaspidi on nimeks EKNi noortetöö töörühm ja igast kirikust on 1 esindaja. 2024 aastal oldi kaasas ka Taize Tallinna kokkutuleku planeerimises ja ettevalmistamises.
Muud tegevused läbi aegade
Noortenõukogu on erinevatel aegadel vastavalt võimalustele läbi viinud erinevaid tegevusi, üritusi ja koolitusi.
Mitu aastat korraldati noortejuhtidele koolitusi projektide kirjutamise kui ka juhtimise osas.
Ecumenical Youth Council of Europe liikmena sai mõned aastad saata Eesti noore välismaale koolitustele.
Noortenõukogu on olnud mõnel korral kaasas ka Arvamusfestivalil EKNi teema-alal. 2018 aastal korraldati eraldi noortetöö paneel.
Mõned aastad toetati oikumeenilist tööd väikeprojektide rahastamisega, kuid see tegevus lõpetati, sest soovijaid ei olnud piisavalt.
Noortenõukogu on läbi viinud ka piirkondlike oikumeenilisi kohtumisi, et noortejuhte omavahel kokku tuua. Sarnast kohtumist tehti pandeemia ajal ka Zoom keskkonna vahendusel.
Mõnel aastal on sponsoreeritud liikmeskirikute noorte osalemisi erinevatel konverentsidel ja üritustel. Näiteks Põleval Pirnil, GLS juhtimiskonverentsil ning Taize aastavahetuse kohtumisel Ljubljanas (seoses Tallinnas aset leidnud kohtumisega).
2018 aastal kirjutas Triin Tarendi EMK Teoloogilises Seminaris õppides EKNi Noortenõukogust diplomitöö.
Juhid
1991 – 1994 Aivar Sarapik (EAÕK)
2012 veebruar – 2017 märts Lemme Aulis (EMK)
2015 veebruar-detsember Triin Salmu ja Lisette Eriste (dekreedi asendajad)
2017 aprill – 2019 veebruar Rando Kangro (EEKBKL)
2019 märts – …. Triin Salmu (EELK)
EKNi konsultandid noortenõukogus:
2014 juuni – 2018 veebruar Ivo Käsk (AKEL)
2018 märts – 2023 detember Robert Tšerenkov (EMK)